Cuando instalas mySQL te deja el fichero de configuración my.ini en: c:\programData\MySQL\MYSQL Server 5.6\my.ini
Para ver qué consultas SQL van lentas puedes activar el log de consultas lentas cambiando los parametros:
log-output=NONE
slow-query-log=0
long_query_time=10
por
log-output=FILE
slow-query-log=1
long_query_time=5
Con eso se activaba el log para consultas lentas que duren mas de 5 segundos.
Una vez reiniciado el servidor… veras que en la carpeta DATA aparece un fichero *.log de consultas lentas en las que puedes ver qué consultas están ralentizando los procesos y crear los indices oportunos.